FISH已经开发了一种有效方法，能在核及染色体范围及细胞的mRNA中显示出特异的DNA序列。FISH首先是通过缺口翻译，把生物素化的核什酸掺入
到DNA探针中去，用荧光抗体的亲和素杂交后，使探针显色。抗生物素/亲和素放大系统及图像化显微镜有能力提供检测染色体卜数百碱基这样短的序列。DNA探针也能直接标记，这是通过把胺化修饰的核昔酸掺人到DNA，使之与活性荧光染料相结合来完成的或者通过缺口翻译，随机引物或
PCR方法能方便地直接掺入荧光核昔酸DNA探针的直接标记提供了一科简单快速的FISH，加之又提出同时使用多DNA探针多颜色F1SH方法。在直接标记FISH中，荧光信号与间接放大方法所获信号并小一样大，但背景清晰。育接标记FISH渐趋流行。