操作方法的根据是文献所述标准步骤，经充分检验对许多动物细胞效果很好，然而，已经知道电穿孔参数取决于细胞类型的。许多实验室使用的操作方法略 有不同。例如，穿孔介质的成分在不同的实验室不同。有些倾向于高离子浓度介质，而大多数实验室倾向于低盐等渗溶液。最优组分依使用的特定细胞种类而有明显的变化。因此，如果努力优化电压和脉冲宽度电穿孔，但结果依然不令人满意，就应尝试改变穿孔介质。
影响电穿孔/电融合的另一重要因素与细胞状态有关，为达到最高效率，必须收集对数生长中期的细胞。
最近，发现使用恢复步骤口I显著增强电穿孔细胞的基因转移效率。简而言之，在电穿孔后，细胞首先置于恢复介质中，除用离子代替离子外，恢复介质类似于普通培养基。再室温下孵育20分钟，细胞就可以在一般情况下培养了。