利用常规透射电镜（TEM)对大分子成像的标准过程是:在载网上吸附DNA及蛋白，染色，重金属投影。重金属能提供电镜下的生物大分子显影所必须的反差。染色及重金属投影后，原来20A宽的DNA增大到50A宽，显著提高了成像效果。结合DNA的蛋白可以通过交联试剂稳定。而且，DNA轴能够部分地将蛋白定位于箔片上，使同源识别更容易。在背景里，通常能够看到没有被结合的蛋白单体和高寡聚体。尽管有可能会变性，而且经常在不知道的位置发生，但这些没有结合DNA的DNA结合蛋白能提供有用的附加信息。在特定目的的研究中，扫描透射电镜(STEM)的质量测量对于蛋白质鉴定或决定蛋白的多聚体状态是可行而且必要的。如果去掉重金属染色和投影步骤，以下介绍的方法与用STEM进行质量测量时的样品制备是相同的。染色和投影是样品制备过程的最后两步，制备顺序依次为:
l)制备并将支持膜覆盖到载网上。
2)处理支持膜( surpport film)表面，准备接受生物分子。
3)反应。
4)处理反应样品并转移到载网上进行电镜观察。
通常，为了较好的将样品从溶液转移到电镜载网上在反应期间，或在反应完成时，有必要对反应条件进行一些调整。