细胞与探针先在低温下孵育，随后冲洗并保温至37℃，这时出现一个强荧光的高尔基体，长时间后，质膜也会出现荧光，这可能反映了细胞内用加入的荧光神经酞胺合成荧光鞘磷脂葡萄糖神经酞胺类似物，以及随后通过高尔基体运输至质膜的过程。下面列出BODIPY-FL神经酞胺的优点:
1.在膜浓度很高时，探针聚集于反式高尔基体，并形成受激子，当使用长程红光滤光器时，可以看见清晰的高尔基体。
2.比NBD一神经酞胺更明亮.
3.比NBD神经酞胺更不易褪色。
活细胞的标记
1)用细胞培养液配制BODIPY-FL神经酞胺贮存液。小瓶封装避光保存于-20摄氏度
2)吸去细胞培养液，用PBS(+)冲洗含有细胞的盖玻片3次
3)加人BODIPY-FL神经酸胺贮存液(不用稀释)，完全浸没细胞，37 9C孵育1}分钟。
4)吸去标记液，在含有10%FB5和青/链霉素的DMEM中一于37摄氏度孵育30分钟:
5)固定盖玻片
注意事项
以甲醇作溶剂时，BODIPY-FL神经酞胺的最大激发光波长为464nm，最大发射光波长为532nm，随着碳链长度及溶剂不同会有所改变:观察时应使用荧光滤光器。对FRAP和共焦显微术而言，可用488nm的氮离子激光作为激发光。