在做细胞化学染色时，实验原理如下：

1. 细胞经甲基绿一呱咯宁混合液处理后，其中的 DNA 和 RNA 出现不同的呈色反应，一般认为这是由于带有负电荷的核酸对碱性染料呱咯宁和甲基绿具有亲和力，且这两种染料的作用有选择性，甲基绿染高聚分子的 DNA 呈蓝绿色，呱咯宁染低聚分子的 RNA 呈红色。由此对细胞中的 DNA 和 RNA 进行定位、定性、和定量分析。
2. 由于不同的蛋白质分子所带的碱性和酸性基团的数目不同，在 pH 值不同的溶液中，蛋白质分子所带的净电荷多少不同。如在生理条件下，整个蛋白质所带负电荷多，则为酸性蛋白质；带正电荷多，则为碱性蛋白质。据此，可将标本经三氯醋酸处理提出核酸后，用不同 pH 值的固绿染液分别染色，细胞内的酸性蛋白和碱性蛋白质显示出来。
3. 过氧化物酶能把许多胺类氧化为有色化合物，用联苯胺处理标本，细胞内的过氧化物酶能把联苯胺氧化为蓝色的联苯胺蓝，进而变为棕色产物，因而可以根据颜色反应来判定过氧化物酶的有无或多少。
4. 组织、细胞的多糖、粘多糖及粘蛋白等都可用 PAS 法来显示，其化学基础是利用过碘酸的氧化作用，打开碳链形成醛，生成的醛基与 Schiff 试剂中的无色品红反应形成紫红色化合物。